Il complesso della chiesa e del convento di Santa Chiara trae origine da una chiesa fatta costruire nel XIII secolo dai Cavalieri dell'Ordine Teutonico, intestata a S. Maria degli Alemanni. La denominazione attuale risale al 1492 quando la chiesa fu affidata alle monache dell'Ordine di Santa Chiara con la possibilità di costruire un monastero. Dopo diverse destinazioni d'uso, oggi l'ex Convento è stato destinato ad ospitare la sede della Soprintendenza.